Nacionalni park sastoji se od 16 jezera, koja se stepenasto prelijevaju i silaze jedno u drugo u nizu od 5460 m zračne linije. Jezera se dijele na Gornja i Donja jezera. Gornja jezera su: Prošćansko jezero, Ciginovac, Okrugljak, Batinovac, Veliko jezero, Malo jezero, Vir, Galovac, Milino jezero, Gradinsko jezero, Veliki Burget i Kozjak. Donja jezera su: Milanovac, Gavanovac, Kaluđerovac i Novakovića Brod. Jezera natapaju vode Crne i Bijele rijeke s pritoka te Rječica i njene pritoke. Ima mnogo izvora, na kojima voda obilno izvire. To su tipična krška vrela nastala na rasjedima propusnih i nepropusnih geoloških formacija. Najveće jezero je Kozjak s 81,5 hektara površine, ujedno i najdublje s 47 m. Prošćansko jezero je drugo po veličini i proteže se od juga prema sjeveru u duljini od 2,5 km.
Nacionalni park Paklenica se prostire na površini od 95 kvadratnih kilometara, na južnim obroncima Velebita, ispod najviših vrhova Vaganskog vrha (1757 m) i Svetog brda (1753 m). Obuhvaća područje bujičnih tokova Velike i Male Paklenice, odnosno njihove prepoznatljive kanjone okomito urezane u južne padine Velebita, te širi okolni prostor. U nacionalnom parku postoji i nekoliko špilja i jama od kojih su najpoznatije i najveće špilja Manita peć iznad kanjona Velike Paklenice i Jama Vodarica između kanjona Velike i Male Paklenice.
Kornatski arhipelag, kao posebna i zasebna otočna skupina smještena na sutoku šibenskih i zadarskih otoka, rasprostire se na površini od oko 320 km2 i uključuje oko 150 kopnenih, stalno ili povremeno nadmorskih jedinica. Ovaj najrazvedeniji otočni ekosustav u Jadranskom moru, koji uključuje čak 12% svih otoka hrvatskog Jadrana (1264 otoka, od čega je 67 napučenih), a tek 1% ukupne hrvatske morske površine, odavno plijeni pozornost brojnih nautičara, ronilaca, planinara i drugih zaljubljenika u prirodu i ono što priroda nudi.
Skradinski buk, najduži slap na rijeci Krki, jedna je od najpoznatijih prirodnih ljepota Hrvatske.Slap tvore sedrene barijere, otoci i jezera. Može ga se razgledati tijekom cijele godine zahvaljujući mreži staza i mostova, koji omogućuju ugodnu i sigurnu šetnju. Na Skradinskom buku nalaze se obnovljeni mlinovi, valjavice i stupe, koje stoljećima koriste snagu vodenog toka. Hidroelektrana Jaruga ispod slapa Skradinskog buka je druga najstarija hidroelektrana u svijetu i prva u Europi. Sagrađena je 28. kolovoza 1895., samo tri dana nakon prve svjetske hidroelektrane na slapovima Niagare.
Otok Mljet odlikuje se i lijepo razvijenim, bogatim samoniklim, autohtonim šumskim pokrovom što je donedavna prekrivao velike površine obala Mediterana, a danas se rijetko gdje održao u svom izvornom obliku. Bujna vegetacija otoka, poglavito one njegove trećine proglašene nacionalnim parkom, pribavila je Mljetu tako već u antičko doba atribut «zelenog otoka». Za to da tu i danas raste čak pet različitih tipova šuma vjerojatno su ipak najzaslužniji benediktinski redovnici koji su kao višestoljetni feudalni gospodari Mljeta jako brinuli o njemu, a sve do potkraj 18. stoljeća i strogo zabranjivali bilo kakvo naseljavanje njegova zapadna dijela, baš onog koji je danas veći dio nacionalnog parka.
